El capital autorizado del BDAN suma tres mil millones de dólares comprometidos en partes iguales por los gobiernos de México y de los Estados Unidos. Cada país ha autorizado la suscripción de 150,000 acciones de capital social del banco con un valor nominal de $10,000 dólares cada una. El 15 por ciento del capital autorizado del BDAN se suscribe como capital pagado que se cubre en cuotas calendarizadas según lo acordado por los dos países, en tanto que el 85 por ciento restante se establece como capital exigible.

Estructura de capital del BDAN
País	Capital pagado	Capital exigible	Total
México	$225,000,000	$1,275,000,000	$1,500,000,000
Estados Unidos	$225,000,000	$1,275,000,000	$1,500,000,000
Total	$450,000,000	$2,550,000,000	$3,000,000,000

El capital pagado comprende los fondos en efectivo aportados al banco por los dos gobiernos. El capital pagado, una vez aportado, es administrado por el BDAN e invertido en valores de renta fija a corto y mediano plazos de alta calidad. Representa las reservas líquidas del Banco, las cuales, además de cubrir las posibles pérdidas sobre préstamos, pueden ser utilizadas para otorgar un monto limitado de créditos directos. El capital pagado debe ser mantenido a un nivel adecuado para asegurar la integridad operativa del banco y proteger a sus acreedores.

El capital exigible no representa fondos en efectivo aportados al BDAN por los dos gobiernos. Consiste en los fondos que los dos países se comprometen a otorgar al BDAN, de así requerirse, para que éste haga frente a sus obligaciones relativas a los empréstitos contraídos para su inclusión en los recursos de capital del banco conforme a lo dispuesto en su convenio constitutivo. Es decir, el capital exigible constituye, en efecto, una garantía de los bonos que emita el banco con el fin de captar fondos en los mercados de capital para financiar su programa crediticio. Dado que no se reciben fondos en efectivo, el capital exigible no puede ser utilizado para préstamos directos.

El 90 por ciento del capital autorizado del BDAN puede ser utilizado para financiar proyectos de infraestructura ambiental en la región fronteriza. El 10 por ciento restante del capital suscrito por cada país se destina al financiamiento de programas complementarios de apoyo a comunidades y empresas en México y los Estados Unidos en apoyo de los propósitos del TLC (los “programas domésticos”).

El primer pago de capital fue efectuado por ambos gobiernos en noviembre de 1994. Al 31 de mayo de 2008, el BDAN había recibido un total de $403,123,214 dólares en capital pagado, con $2,284 millones de dólares en capital exigible correspondiente, lo que representa el 89.6% de todo su capital suscrito. Del capital pagado, $358,123,214 dólares se relacionan al programa ambiental internacional del BDAN y $45 millones a los programas domésticos.

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