Además de sus operaciones crediticias, el BDAN también otorga y administra financiamiento con recursos no reembolsables para hacer más asequibles las obras de infraestructura municipal a las comunidades fronterizas. En la actualidad se brinda apoyo no reembolsable a través de dos programas:

Fondo de Infraestructura Ambiental Fronteriza (BEIF)
Con recursos no reembolsables aportados por la Agencia para la Protección Ambiental de los EE.UU. (EPA), se ofrece financiamiento exclusivamente para la ejecución de proyectos de infraestructura municipal de alta prioridad en materia de agua potable, alcantarillado y saneamiento, los cuales se ubican dentro de la franja de 100 kilómetros hacia ambos lados de la frontera.

Programa de Apoyo a Comunidades (PAC)
Con una porción de las utilidades retenidas del BDAN, se ofrece financiamiento para apoyar proyectos promovidos por entidades públicas en todos los sectores ambientales en los que opera el Banco.